En el año de 1656, a iniciativa de Juan Pérez Salmerón, el poblado tomó el nombre definitivo de Tequixquiapan. palabra náhuatl compuesta por las raíces Tequexquitl (Tequesquite), Atl (agua) Apan (lugar), es decir, lugar de agua y tequesquite. El nombre fue asentado en Cédula Real ante Don Francisco Gutiérrez, alcalde mayor y Lorenzo Vidal escribano de Su Majestad, como lo afirma Pedro Martínez de Salazar y Pacheco: "Tequisquiapan en término mexicano quiere decir, tierra baja tequixquitosa donde abunda el salitre que se hace visible a la vista, y siendo así tierra baja del suelo de Tequixquiapan y abundan a muchos parajes de su centro, fuera de él y en sus riveras, ésta materia, de ahí viene el nombre de Tequixquiapan\". En 1861, siendo gobernador de Querétaro, el general Don José Maria Arteaga, por decreto del congreso del estado, se eleva a la categoría de Villa, con el nombre de Villa Mateos de Tequisquiapan. El 5 de mayo de 1920 se instalan los poderes del Estado de la Villa de Tequisquiapan por manifiesto del gobernador constitucional del Estado Salvador Argaín. El 20 de mayo de 1931 Tequisquiapan deja de pertenecer a la jurisdicción de San Juan del Río por primera vez, reincorporándose del 31 de diciembre del mismo año, decretos publicados en el Periódico Oficial La Sombra de Arteaga. Se crea en forma definitiva el municipio de Tequisquiapan el 30 de junio de 1939. Acontecimientos que impactaron en su tiempo despertando letargos y proyectando el desarrollo del municipio: La estación Bernal fue inaugurada en el año de 1902, por el Presidente Porfirio Díaz aprovechando el viaje en ferrocarril que sirvió para inaugurar y poner en servicio la red ferroviaria que comunicaría a la gran capital del país con ciudades del interior de la República. En 1910 entró en funciones el teléfono con 4 aparatos en la casa de los hermanos Anaya, ubicada en la calle Benito Juárez. El 1 de diciembre de 1948 se inauguró el servicio del telégrafo por el Director General de Telecomunicaciones, Ing. Miguel Pereyra, siendo Presidente Municipal Román Chávez Ramírez. El 16 de septiembre de 1905 entró en operación la planta hidroeléctrica Las Rosas. En 1959-1960 se construyó la red de agua potable y drenaje en las calles Morelos, Juárez y zona centro del pueblo. Esta obra. se realizó en el primer periodo presidencial de Telésforo Trejo Uribe. En el año de 1960 se abrió la primera escuela secundaria de carácter particular. El 1 de octubre de 1969 la Secundaria Federal Cerro de las Campanas. En 1942 entró en uso la carretera asfaltada Tequisquiapan San Juan del Río. En el mes de junio de 1953 con 16 socios, se fundó el Club de Leones de Tequisquiapan. La caja popular Santa María de Guadalupe fue inaugurada el 16 de diciembre de 1956, a iniciativa del sacerdote y Lic. Luis Ugalde Monroy. En el año 1930 se instaló la primera bomba de gasolina en la tienda de don Manuel Jassen, ubicada en la esquina que forman las calles de Morelos y Av. Juárez. La oficina de Correos inicia en el año de 1883 en la calle de Morelos, el primer encargado fue José M. Ortiz, inmediatamente después se hizo cargo el Prof. Rafael Zamorano 1887-1888, cuando la oficina se ubicaba en la calle Guillermo Prieto; después el Sr. Rosendo Ruiz Ruiz quien ocupó el cargo de 1888 a 1926. A partir del año de 1896 adquirió la denominación de Administración de Correos, por lo que el Sr. Rosendo Ruiz fue el primer administrador de correos en la localidad. Cabe destacar que en esta época era el principal medio de comunicación de la localidad con el exterior. La primera escuela (párvulos) fue atendida por la maestra Josefa González, dicha escuela estaba ubicada en la calle 5 de mayo casi esquina con Morelos en el año de 1948. Se contó con energía eléctrica a partir del año de 1909. Se inaugura la Presa Centenario en 1910. Adquiriendo dicho nombre por ser aniversario del inicio del movimiento de independencia del país. El kiosco, ubicado en el corazón de la plaza principal, fue diseñado por el Arq. Antonio Longui, la cantera que se utilizó fue labrada por el artesano Ramón Morales. La parroquia de Santa María de la Asunción data del siglo XVII en la primera etapa, la segunda etapa se terminó en 1874, en la tercera etapa se construyó la media naranja que fue dirigida por el Arq. Antonio Olguín, y se terminó en 1921; dicha obra se realizó gracias a las faenas gratuitas de los hombres de Tequisquiapan.
